Les Ponts Couverts dans le quartier Sud de la Petite France font partie des fortifications du XIIIe siècle. À l'origine ils étaient en bois et formaient un ensemble de galeries couvertes d'un toit. Remaniés aux XIVe, XVIe et XVIIIe siècles, c'est au XIXe siècle que le bois a été remplacé par les actuels ponts de pierres. Trois ponts enjambent quatre bras de l'Ill au Sud de la Petite France: le Zornmuhlkanal, le Duntzmuhlkanal, le Zpitzmuhlkanal et le canal de Navigation. Ces canaux sont dominés par les quatre tours fortifiées des Ponts Couverts qui sont classées aux Monuments Historiques depuis 1928: la Tour des Français "Bungewehr Gedeckte Brücke", la tour Jean de Altheim "Hans von Altheimturm", la tour Henri "Heinrichsturm" et à l'Ouest la Tour du Bourreau "Henckerturm". Une cinquième tour protégée le pont Nord, il s'agit de la Malzenturm détruite par un incendie en 1869. Ce secteur des Ponts Couverts comprend également le Barrage Vauban érigé au XVIIe siècle, il devait servir à inonder l'ennemi afin de ralentir sa progression vers Strasbourg. Aujourd'hui la terrasse panoramique permet d'avoir une vue imprenable sur la ville. Le Barrage Vauban de Strasbourg est inscrit à l'inventaire des Monuments Historiques depuis 1971. À côté, la commanderie Saint-Jean a été construite en 1747, elle a pris la place d'un ancien hôpital du XVIe siècle; devenue prison des femmes, elle accueille aujourd'hui l'ENA, l'École Nationale d'Administration. L'ancienne commanderie Saint-Jean de Strasbourg a également été inscrite à l'inventaire des Monuments Historiques en 1971.